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Interview mit Dr. Philip Wenig

ChemClipse stellt sich vor: Eclipse trifft Wissenschaft

Hartmut Schlosser
Dr. Philip Wenig

ChemClipse ist der Name eines neuen Projektvorschlages, der vor wenigen Tagen bei der Eclipse Foundation eingereicht wurde. Worum es sich dabei handelt – und weshalb Eclipse Karriere als Plattform für wissenschaftliche Projekte aus Chemie, Biologie und anderen Naturwissenschaften machen könnte – haben wir mit ChemClipse-Erfinder Dr. Philip Wenig besprochen.

JAXenter: Gerade habt Ihr ChemClipse als offizielles Eclipse-Projekt vorgeschlagen. Worum geht es dabei?

Philip Wenig: ChemClipse [1] beschäftigt sich mit der Auswertung von chemischen Daten, im Speziellen mit Daten aus dem Bereich der Chromatographie/Massenspektrometrie. Den meisten ist sicher aus der Schule noch der Versuch mit Löschpapier, Filzstift und dem Lösungsmittel im Gedächtnis geblieben. Dabei erhält man nicht nur schöne Blumenmuster; der eigentliche Zweck ist die Auftrennung der Filzstiftfarbe in seine einzelnen Bestandteile. Und das wird als Chromatographie bezeichnet, nur dass heutzutage kleinste Probenmengen für die Analyse ausreichen und die Maschinen nicht unter dem Preis eines Luxuswagens zu haben sind.

Mit der Massenspektrometrie erfolgt dann die Identifizierung der einzelnen Bestandteile. Die Kombination aus Chromatographie und Massenspektrometrie hat sich in seiner Leistungsfähigkeit bewährt und wird mittlerweile weltweit in Laboratorien (Forensik, Qualitätskontrolle, Lebensmittelanalytik, …) als Standardtechnologie eingesetzt.

Es gibt da nur einen Haken. Jeder Hersteller bietet eigene Softwarelösungen zum Auswerten der Daten an, die zumeist inkompatibel mit den Daten anderer Hersteller sind und zudem fast ausschließlich nur unter Microsoft Windows laufen. Darüber hinaus kann die proprietäre Software nicht erweitert werden. Damit kommt man zum einen nicht an die Rohdaten der Analyse heran und kann somit auch keine neuen innovativen Wege bei der Auswertung gehen.

Und genau hier setzt ChemClipse an. Es bietet dem Chemiker die Möglichkeit, unterschiedlichste Datenformate einheitlich zu verarbeiten, und dass bei einer relativ intuitiv zu bedienenden Oberfläche. Dadurch, dass ChemClipse auf Basis der Eclipse Rich Client Platform entwickelt wird (bei der aktuellen Entwicklerversion setzen wir auf Eclipse 4.5M4 im Mixed Mode), kommen die Benutzer anderer Betriebssysteme auch in den Genuss der Datenauswertung. Des Weiteren ermöglicht die saubere Modularisierung mittels OSGi, ChemClipse nach Gusto zu erweitern. Damit bieten wir Möglichkeiten der Datenauswertung, die vor Jahren noch undenkbar gewesen wären.

JAXenter: ChemClipse ist ja aus dem Projekt OpenChrom hervorgegangen. Wo liegen die Unterschiede?

Philip Wenig: Im Grunde gibt es zwischen ChemClipse und OpenChrom [2] keine Unterschiede. Dabei verhält es sich so, wie mit Jubula und GUIdancer der Bredex GmbH. OpenChrom geht auf das Jahr 2008 zurück, in der Zeit, als ich meine Doktorarbeit geschrieben habe. Da ich mit der proprietären Software unzufrieden war und meine Daten nicht effizient genug auswerten konnte, habe ich angefangen, eine eigene Lösung zu programmieren – die Geburtsstunde von OpenChrom.

Von Anfang an habe ich bewusst auf eine Open-Source-Lizenzierung gesetzt. Da ich aber von Linux wusste, dass es da mal einige Markenrechtsstreitigkeiten gab, habe ich gleich OpenChrom als Marke angemeldet. Mittlerweile führen mein Kollege Dr. Andreas Klingberg und ich zusammen eine Firma namens Lablicate UG (haftungsbeschränkt), die sich um die Weiterentwicklung von OpenChrom/ChemClipse kümmert. Als Firma wollen wir natürlich den Markennamen behalten, daher haben wir die Eclipse-Variante in ChemClipse umbenannt, in Anlehnung an die großartige Software BioClipse.

Also, in Zukunft wird es folgende Versionen geben:

  • ChemClipse / OpenChrom Community Edition
  • OpenChrom Enterprise Edition

Die OpenChrom Community Edition baut auf ChemClipse auf und enthält einige Features, die aus rechtlichen Gründen nicht in der ChemClipse Version enthalten sein dürfen, wie z.B. den OpenChrom Marketplace.

JAXenter: Was ist der OpenChrom Marketplace?

Philip Wenig: Über den OpenChrom Marketplace stellen wir zusätzliche Plug-ins zur Verfügung, die sich der Benutzer bei Bedarf nachträglich installieren kann. Die Plug-ins sind von uns getestet und auf die jeweilige Version von OpenChrom abgestimmt, um dem Benutzer lästige Fehlermeldungen zu ersparen [3].

Um über den Updateprozess etwas mehr Kontrolle zu bekommen, habe ich in PHP/MySQL einen eigenen Marketplace-Server implementiert. Der Marketplace enthält z.B. Plug-ins, die unter der GPL bzw. LGPL lizenziert sind. Darüber hinaus sind etliche Datenkonverter zum Importieren der Rohdaten enthalten, die wir zwar proprietär anbieten, die aber uneingeschränkt genutzt werden können.

Von den Herstellern erhalten wir keine Information zu den Datenformaten, daher müssen wir alle Formate mittels Hexeditor selber entschlüsseln. Das ist aber nicht der eigentliche Grund. Die Sache ist einfacher. Wir bieten Laboratorien die OpenChrom Enterprise Edition an. Laboratorien wiederum haben Vorgaben, dass Rohdaten nicht verändert werden dürfen. Wenn diese nun Datenkonverter und Open Source hören, fliegen wir raus, obwohl das eigentlich Quatsch ist. Dann hätten wir natürlich auch keinen Umsatz und könnten ChemClipse/OpenChrom auch nicht weiterentwickeln. Wir hoffen aber, dass sich die Lage irgendwann ändert und wir auch weitere Plug-ins unter der EPL freigeben können.

JAXenter: ChemClipse ist Teil der Eclipse Science Working Group. Ein Ziel ist hier, eine einheitliche Eclipse-basierte Plattform für den wissenschaftlichen Bereich zu etablieren. Wie nah seid Ihr diesem Ziel?

Philip Wenig: Ich würde sagen, dass wir noch in den Kinderschuhen stecken, aber der Anfang ist gemacht. Bei der Science Working Group [4] handelt es sich um Teilnehmer mit den unterschiedlichsten Forschungsrichtungen. Das macht es sicher schwieriger, einen gemeinsamen Fokus zu finden, anders als vielleicht in den übrigen Arbeitsgruppen. Die Vielfalt ist aber auch ein großer Vorteil, da wir Dinge abstrakter betrachten müssen und so zu komplett neuen Lösungsansätzen kommen können.

Darüber hinaus wird es immer wichtiger, dass Forscher interdisziplinär zusammen arbeiten, aber auch die anderen Arbeitsgruppen können voneinander profitieren. Hier stelle ich mir z.B. eine Zusammenarbeit mit der LocationTech WG im Bereich der Biologie oder der IoT WG im Bereich der Chemie vor. Und genau hierfür schaffen wir momentan die Grundlage.

Für die Zukunft könnte ich mir also gut ein Eclipse Release für Wissenschaftler vorstellen, das von Physikern, Chemikern, Biologen und anderen zur Auswertung unterschiedlichster Daten benutzt wird.

JAXenter: Wie sehen die nächsten Schritte für ChemClipse aus?

Philip Wenig: Momentan befindet sich das Proposal noch in der Phase des öffentlichen Reviews. Nach einer Annahme seitens der Eclipse Foundation werden wir die Migration des Sourcecodes in Angriff nehmen. Für den Sommer ist dann das erste Release geplant. Auf lange Sicht wollen wir natürlich Studenten, Doktoranden und interessierte Programmierer für das Projekt gewinnen. Uns macht es großen Spaß, mit den wissenschaftlichen Daten zu arbeiten, vorhandene Open-Source-Bibliotheken zu rekombinieren und neue Wege bei der Datenauswertung zu finden. Diese Begeisterung würden wir natürlich auch gerne weitergeben.

JAXenter: Vielen Dank für dieses Interview!

Dr. Philip Wenig ist Gründer der Open-Source-Software OpenChrom und Geschäftsführer der Lablicate UG. Er beschäftigt sich hauptsächlich mit der Entwicklung von Software für den Bereich der Chromatografie und Massenspektrometrie (GC/MS). Darüber beteiligt sich seine Firma Lablicate UG aktiv an der Science Working Group (WG) der Eclipse Foundation.

Geschrieben von
Hartmut Schlosser
Hartmut Schlosser
Content-Stratege, IT-Redakteur, Storyteller – als Online-Teamlead bei S&S Media ist Hartmut Schlosser immer auf der Suche nach der Geschichte hinter der News. SEO und KPIs isst er zum Frühstück. Satt machen ihn kreative Aktionen, die den Leser bewegen. @hschlosser
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