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Projekt ChemClipse: Eclipse für die chemische Analyse

Redaktion JAXenter
© shutterstock.com/ l i g h t p o e t

Eclipse trifft Wissenschaft: Ein Projektvorschlag mit dem Titel ChemClipse wurde auf den Seiten der Eclipse Foundation veröffentlicht. Worum handelt es sich bei diesem Vorhaben?

Eclipse Science Working Group: Making of

Über das Ansinnen, die Eclipse-Plattform fit für den breiten Einsatz in Chemie, Biologie und anderen Naturwissenschaften zu machen, wo sie ohnehin vielfach in Verwendung ist, berichtete der Chemiker und Softwareentwickler Philip Wenig bereits vor gut zwei Jahren in der Ausgabe 1.13 des Eclipse Magazins:

Die Eclipse Rich Client Platform bietet mit ihrer Fülle an Projekten eine hervorragende Möglichkeit, um Probleme, auch in anderen Fachbereichen als der Informatik, elegant zu lösen. (…) Die gute Integration zusätzlicher Bibliotheken und die flexible Sicht auf die Daten erlauben ein effektives und effizientes Arbeiten. Durch die hervorragende Modularität der Plattform können einzelne Aufgaben und Auswertungen fachlich sauber voneinander getrennt werden.

Wenig, seines Zeichens Erfinder der Eclipse-basierten Analysesoftware OpenChrom, fand hiermit regen Zuspruch und Unterstützung aus der Eclipse-Community – zumal sich bereits andere Community-Mitglieder für einen Verband von Eclipse-nutzenden Wissenschaftlern stark gemacht hatten. Auch dem Erfolg der Industriearbeitsgruppen bei Eclipse (Industry Working Groups) ist es zu verdanken, dass die Pläne schnell konkreter wurden: „Die Zeit ist reif für eine gemeinsame, Eclipse-basierte Plattform für die Wissenschaft“, konstatierte Wenig in einem weiteren Eclipse-Magazin-Beitrag (auch hier auf JAXenter zu lesen). Auf der EclipseCon Europe 2013 begannen er und seine Mitstreiter damit, eine Satzung für eine Industry Working Group zu verfassen.

Am 4. Juni 2014 erfolgte dann der offizielle Startschuss für die Eclipse Science Working Group: Die Interessengemeinschaft erhielt ein offizielles Logo (s.u.) und eine Webpräsenz (https://science.eclipse.org). 

Offizielles Logo der Eclipse Science Working Group

ChemClipse

Auf Basis der Eclipse Application Platform soll ChemClipse dem Chemiker Open-Source-Werkzeuge an die Hand geben, die ihn bei gängigen chemischen Anaylseverfahren wie Gaschromatographie und Massenspektrometrie unterstützen. Der Import und die Auswertung der Daten, die aus der Analyse gewonnen werden, sollen auch dank einer intuitiven Nutzeroberfläche schnell und einfach vonstatten gehen. Die Funktionalität lässt sich mittels Plug-ins erweitern. 

ChemClipse-Nutzeroberfläche

ChemClipse ist das Zwillingsprojekt der freien OpenChrom Community Edition. Es verhält sich zu OpenChrom wie Eclipse Jubula zum BREDEX-Tool GUIdancer, wie Wenig JAXenter mitteilt. Zusätzlich kann OpenChrom weiterhin über den Eclipse Marketplace bezogen werden. 

Was Wenig über den Entstehungshintergrund von OpenChrom schreibt, trifft folglich ebenso auf das neue Projekt zu:

Chemiker mit dem Fokus auf Gaschromatographie/Massenspektrometrie sind bei dem Reigen unterschiedlicher Eclipse-Anwendungen bislang leider leer ausgegangen. Der Bereich der chemischen Analytik hinkt in puncto Software und Innovationskraft anderen Branchen hinterher.

Dabei wird Software in Forschung und Wissenschaft immer wichtiger – genauso wie in fast allen anderen Lebensbereichen. Quelloffene Wissenschaftssoftware ermöglicht es der Zielgruppe zudem, auf bereits vorhandene Werkzeuge zurückzugreifen und diese je nach Bedarf flexibel zu erweitern. Vermieden wird dadurch die sprichwörtliche Neuerfindung des Rades.

Andere Eclipse-Projekte, die sich an der Schnittstelle zwischen Softwareentwicklung und Wissenschaft ansiedeln, sind das Eclipse Integrated Computational Environment und DAWNSci. Als weitere Open-Source-Projekte wären neben OpenChrom auch Bioclipse und Passerelle zu nennen. 

Aufmacherbild: Team of researchers carrying out experiments in a lab (shallow DOF; color toned image) von shutterstock.com / Urheberrecht: l i g h t p o e t

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