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Bioclipse 2.6: Das Eclipse-Prinzip für Chemiker und Bioinformatiker

Hartmut Schlosser

Die Life-Science-Workbench Bioclipse ist in Version 2.6 erschienen. Die Java-basierte Plattform für Chemo- und Bioinformatik enthält nun eine neue Version des Chemistry Development Kits (CDK), das mit einer besseren Doppelbindungsanalyse, erweiterten Atomtypen und Geschwindigkeitsverbesserungen aufwarten soll. Auch neue Decision Support Modelle und ein überarbeitetes User Interface zum Download von Daten und Modellen gehören dazu.

Bioclipse ist eine Eclipse-RCP-Anwendung, die mit zahlreichen Innovationspreisen ausgezeichnet wurde, darunter der JAX Innovation Award 2006. Bioclipse will für die Biowissenschaften das sein, was Eclipse für die Softwareentwicklung ist: eine universale Plattform, mit der die in Java geschriebenen Life-Science-Anwendungen integriert werden können.
Ziel von Bioclipse ist es, durch die Nutzung der Eclipse-Plug-in-Architektur alle Bereiche der erwähnten Wissenschaften in ein einziges Framework zu integrieren und Extension Points zur Verfügung zu stellen.

Der neue Bioclipse-2.6-Kern basiert auf Eclipse 3.8 und unterstützt Java 1.7. Sowohl für Windows als auch für Mac OS X erleichtern neue Installationsprozesse die Arbeit mit der Workbench. Weitere Informationen über Bioclipse 2.6 hält die Projektseite bereit.

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Hartmut Schlosser
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